安全性能对于来说，是最需要保障的一点属性，因为原本就应用于安全领域的通风柜如果出现安全事故那么对实验和科研人员造成的损害是不堪设想的。在很多意外状况下，都是因为通风柜出现故障或者临时崩坏导致实验室被损毁或者造成人员受伤的情况。所以通风柜的安全性能是需要着重考虑的设计要素。
在安全性能设计上，除了定期更换通风柜内部的净化物质和定期清洁管道内的淤积物之外，外形和内部的设计也需要斟酌考虑，才能够让通风柜的设计更为科学合理，必须考虑到的要素有如下几点：的排风装置应该使用狭缝式排风装置，保证排出的有毒气体不会影响到正在进行试验的科研人员并且准确经过通风排放净化管道，让通风柜的净化效果达到最佳。