改革开放以来，我国畜牧业快速增长，但与此同时，重大动物疫病给畜牧业造成的风险也日趋突出，尤其是近几年发生的禽流感、猪链球菌病和猪蓝耳病，不仅使畜牧业遭受重大冲击，而且危及到公共卫生安全，直接影响到我国畜牧业当前和未来的健康发展，因此必须从战略高度加以反思和解决。

一、动物源性疾病已成为公共卫生安全的最大威胁，必须将动物防疫放到公共卫生安全的突出位置。
建国以来，我国在动物疫病的控制方面取得了很大成绩。但随着畜牧业生产的高速发展，动物疫病呈现出越来越为复杂的局面。危害我国畜牧业的主要传染病已由牛瘟等7种增至38种，其中有12种为上世纪80年代以来的新发病。国外动物疫病控制难度也不断加大，上述12种疫病多属从国外引种带入。疯牛病已经从欧洲步步逼近国门，动物疫病形势非常严峻。

国内外重大动物疫病暴发和流行的经验证明，重大动物疫病不仅会造成畜禽死亡和畜产品损失,影响畜牧业发展和流通贸易,更会危及人类健康。重大动物疫病影响具有很大的外延性和不确定性，已成为一个超越国界、全人类共同关注的问题。一旦处理不好，应对不当，将会引发较大的公共卫生事件，严重时还可能会对国民经济的健康发展造成巨大冲击，并可能产生严重的社会和政治问题。因此，必须将重大动物疫病实验室建设尽快纳入国家公共卫生管理范畴，并将其放到更加突出的位置，高度重视，全力应对。
二、动物防疫是一个系统工程，也是一个长期过程，需采取综合防控战略。
动物疫病防疫是涉及多环节、多主体、多部门、多层次的一个复杂工作，是一项庞大的系统工程。重大动物疫病防治实验室建设更是一个长期艰巨的过程。我们一方面要认清动物疫病存在的客观性，即使在发达国家，动物疫病，甚至恶性、传染性疫病也时有发生；另一方面也要清醒地认识到动物疫病控制的长期性，动物疫病的彻底控制和扑灭必须经过一个非常艰难漫长的过程。同时我们更要充分认识到，动物疫病是可以防预、可以控制和可以扑灭的，只要措施得当、政策对路，就可以将动物疫病的发生率降到最低，动物疫病所造成损失降到最少，动物疫病所产生的影响面控制到最弱。
禽流感、猪链球菌和蓝耳病疫情之所以能得到很快控制，没有引起象SARS那样的大面积暴发和扩散，关键是采取了“依靠科学、依法防治和群防群控”的综合防控战略，这一宝贵经验必须继续坚持。根据综合防控的战略，今后我国的动物防疫既要采取科学合理的技术措施和责任明确的管理措施，科学防疫，高效防疫，也要充分发挥生产经营者自觉自愿防疫、社会力量广泛参与、新闻媒体有效监督的积极性，全社会参与，全社会防疫。
既要加大检疫、检测和监测力度，加强重大动物疫病应急反应能力建设，将重大动物疫病扼杀在萌芽状态，也要加强防疫基础工作，统筹规划，加快构建重大动物疫病控制的长效机制。既要大力加强动物疫病防疫工作，加快构建适合中国农村和畜牧业特点的动物疫病防疫体系，大幅度提高动物疫病防控能力，也要加快畜牧业生产方式转变，加强农村公共卫生条件和环境的改善，大幅度减少动物疫病的发生率和负面影响。
三、要充分认识风险对畜牧业发展的影响，以科学发展观为指导，正确处理好畜牧业发展与风险防范的关系。
改革开放以来，我国畜牧业高速发展，一举扭转了畜产品供给绝对短缺的局面，畜牧业已经发展成为农村经济中的支柱产业，产值突破万亿，在农业总产值中的比例超过1/3，成为我国农业诸产业中增长速度快、经济效益高、现代化水平高的产业，成为关系经济、社会协调发展、城乡协调发展的支柱产业。
实验室建设
但同时，由于支撑体系弱以及国际技术壁垒制约不断增强，畜牧业不仅面临市场风险、自然风险和管理风险，同时也要应对疫病风险、质量安全、生态安全等方面的巨大挑战，我国畜牧业进入了高风险期。畜牧业发展既要以经济效益为核心，通过满足居民日益增长的消费需求，获得尽可能高而稳定的经济效益；也要按照新发展观的要求，把风险防范放在更加重要的位置，坚持提高效益与降低风险并重、扩大规模与规避风险并举的方针。在区域布局、结构调整和规模化进程中，树立风险防范意识，坚持实验室建设布局的适度集中和规模的适度发展。
我国正处于从基本小康向全面小康转变的战略机遇期，这既为畜牧业发展带来了新的发展机遇，也提出了更高的要求。全面建设小康一方面可给畜牧业发展提供巨大的发展空间，使畜牧业在10-15年之内成为国民经济中的一个现代大产业。另一方面，随着国民收入与素质的提高，以及人与自然矛盾的加剧，社会对畜牧业的要求不断提高，质量安全、生态资源环境安全、公共卫生安全已经提到越来越突出的位置。面对新形势、新挑战和新的战略发展机遇，畜牧业要想有一个大的发展，就必须认真贯彻“以人为本”的科学发展观，重新调整发展战略，进一步明确畜牧业发展方向，从全面建设实验室建设解决“三农”问题的战略高度出发，统筹兼顾畜产品质量安全、公共卫生安全、生态环境安全，以结构调整和支撑体系建设为重点，以产业化经营为主线，构建现代畜牧业产业体系，提高应对危机的能力，实现畜牧业的全面、协调、可持续发展。
四、要保持畜牧业发展与支撑保障体系的协调，动物防疫体系建设必须与畜牧业发展相适应。
畜牧业支撑体系是畜牧业产业健康发展的可靠保证。中外畜牧业发展的历史一再表明，没有强大的支撑体系，就没有畜牧业的健康发展。目前，畜牧业支撑体系已经成为制约我国畜牧业健康发展的主要因素，而动物防疫体系又是畜牧业支撑体系中最为薄弱的环节，动物疫病频繁发生就是畜牧业发展和支撑体系建设矛盾的集中体现。加强以防疫体系建设为重点的畜牧业科技支撑体系刻不容缓。畜牧业发展要想统筹兼顾畜产品质量安全、公共卫生安全、生态环境安全，就必须加大对畜牧业支撑体系的投入，作为进一步促进畜牧业可持续发展的重要抓手，使畜牧业支撑体系发展尽快赶上畜牧业的发展，使动物疫病防疫能力尽快与畜牧业发展相适应。
当前，我国大部分农村的畜牧业生产仍以农户散养为主，畜禽养殖环境差，发病率高，管理困难，制约着畜牧业持续、稳定、健康与协调发展，尽管我国畜牧业生产中规模化、集约化饲养比重不断上升，但传统农户散养与规模化、集约化饲养在我国将长期并存，这是建立我国疫病防疫体系必须面对的基础条件。动物防疫体系建设要针对上述实际情况，把农户散养中疫病防疫问题作为我国动物疫病防疫体系的薄弱环节和关键环节来抓，并且要落到实处，以此为出发点，解决好动物防疫体制、资金和队伍等一系列问题。
五、降低动物疫病风险、维护公共卫生安全迫切需要加快畜牧业生产方式转变。
畜牧业生产方式与动物疫病发生和传播密切相关，也与疫病防疫与控制密切相关。从一定意义上讲，规模化饲养便于集中采取动物疫病防范措施，更容易及时控制疫病，而进行规模化生产的企业也有意愿、有技术、有能力、有财力采取一定的防疫措施。对于小规模散养农户来讲，畜牧业多是家庭副业，许多农民对动物疫病防疫的知识和技术一知半解，也不具备进行动物疫病防疫的能力，一旦动物发生疫病，可能就容易大面积传播。由于一些动物疫病传播快，传染性强，小规模散养农户家畜零星发生的疫病，如果控制不及时、采取措施不得当，也可能波及到规模饲养大户和大型养殖企业，并且由点到面，影响到一个区域、甚至更大范围畜牧业的健康发展。禽流感和猪链球菌危机暴露出的小规模饲养方式在动物防疫方面的严重缺陷使我们警醒，必须加快生产方式的转变。
从国外畜牧业现代化的发展历程和我国畜牧业的发展状况来看，我国畜牧业目前正处于从传统向现代转变的关键期，也是畜牧产业发展快速提升的机遇期。实现畜牧业生产方式转变的关键，是要正确处好小规模分散饲养与大规模工厂化饲养之间的关系。小规模分散饲养因存在防疫困难、质量安全没有保障、标准化生产难以实施和监管成本高等问题，应实现有规划、有指导、有限定的饲养。同时，应该重视大规模养殖也有对外污染、外部负效应等弊端。规模化、标准化和集约化是现代畜牧业的主要标志，也是未来畜牧业发展的必由之路。
为了适应现代畜牧业的总体发展趋势，加快我国畜牧业尽快从传统散养方式向现代规模化、标准化和集约化方式的转变，今后我国畜牧业发展必须尽快实施生产方式转变升级战略，即服务小农户、规范专业户、监督大型户，促进标准化、规范化和产业化，大力提高畜产品质量和市场竞争力，有效增加农民收入，确保畜产品安全和人民身体健康，尽快实现畜牧业现代化。与此同时也要加快转变畜禽屠宰方式、流通方式乃至居民生活方式，促进畜牧业生产、流通、加工和消费方式的全面转变和升级，进而实现畜牧业现代化。